La fumagilline est une substance produite par la fermentation d'Aspergillus fumigatus qui a des effets inhibiteurs puissants in vitro vis-à-vis d'un certain nombre d'espèces de microsporidies.
Le mécanisme par lequel la fumagilline exerce son activité antiparasitaire d'inhibition de la réplication microsporidiale n'est pas clairement établi. La cytochimie suggère que la fumagilline inhibe la synthèse de l'ARN (acide ribonucléique) chez le parasite.
Les données récentes soutiennent fortement l'hypothèse que la méthionine aminopeptidase -2 est la cible moléculaire microsporidiale de la fumagilline.