Coqueluche : quelles indications des tests PCR et de l’antibiothérapie ?

Devant la très forte augmentation de prescriptions de tests PCR qui ont entraîné des ruptures d’approvisionnement de réactifs, et en raison des risques de pénurie en macrolides, les sociétés savantes d’infectiologie et de pédiatrie (Gpip¹, Spilf², Gefrup³,  Afpa⁴) ont publié un communiqué le 25 juin 2024 et un questions/réponses dans lesquels elles précisent les indications du diagnostic biologique, de l’antibiothérapie et de l’antibioprophylaxie [1, 2]. Quant à Santé publique France (SPF) et au ministère du Travail, de la Santé et des Solidarités, ils rappellent l’importance de vacciner les femmes enceintes pour protéger les nourrissons de moins de 6 mois [3, 4].

Quand demander un test PCR ?

Au 26 juin 2024, les données « 3 labos⁵ » rapportent 14 866 PCR positives/ 67 161 tests effectués, soit un total de tests réalisés et de tests positifs multiplié, respectivement, par 17 entre janvier et juin 2024 et par 27 par rapport à l'année 2023 [3]. De plus, le taux de positivité provisoire des tests a progressé de 7,6 à 27,8 % entre janvier et mai 2024 et il est actuellement de 22,1 % pour 2024 versus 3,7 % pour l’année 2023.

Actuellement, les tests PCR sont indiqués chez :

• les nouveau-nés et les jeunes enfants non ou incomplètement vaccinés avec épisode de toux quinteuses évocatrices ou associées à des apnées ;
• les enfants, les adolescents et les adultes, avec une toux de plus de 7 jours sans autre cause (et moins de 3 semaines) :
  • lorsque la dernière vaccination date de plus de 3 ans,
  • lorsque  la dernière vaccination date de moins de 3 ans et en contact avec un cas confirmé de coqueluche ;
• les enfants, adolescents, adultes vaccinés depuis plus de 3 ans, présentant des symptômes compatibles avec la coqueluche et dans l’entourage proche d’un nourrisson de moins de 5 mois ;
• les patients immunodéprimés et présentant des symptômes compatibles.

Les tests PCR ne sont pas indiqués [1] chez :

• les malades toussant depuis plus de 3 semaines, car la sensibilité du test est alors trop faible (cf. notre article du 11 juin 2024) ;
• les patients en contact proche ou occasionnel avec un cas confirmé biologiquement et ayant des symptômes évoquant la coqueluche, car le traitement antibiotique peut être prescrit sans diagnostic biologique ;
• les personnes en contact proche ou occasionnel avec un cas confirmé biologiquement, mais asymptomatiques, car la prescription d’une antibioprophylaxie dépendra du terrain (fragile ?), de la date du contage et du dernier vaccin (voir ci-dessous).

Quand prescrire une antibiothérapie ?

L’antibiothérapie, qui repose principalement sur les macrolides, est à administrer :

• dès que possible dans les 3 premières semaines d’évolution de la maladie ;
• en suspension buvable chez les enfants de moins de 6 ans.

La clarithromycine est le traitement de première intention, chez l'enfant et l'adulte (gamme ZECLAR et génériques) (cf. notre article du 27 juin 2024). L'azithromycine fait partie des antibiotiques « critiques » à fort impact écologique, et il n'est ainsi recommandé qu'en seconde intention (gamme ZITHROMAX et génériques, ORDIPHA).

Les macrolides sont utiles pour réduire la transmission, mais ils sont peu ou pas efficaces sur la symptomatologie, sauf chez le jeune nourrisson suspect de coqueluche où un traitement précoce permettrait de diminuer le risque de forme grave.

Les antibiotiques sont indiqués en traitement curatif :

• en cas de coqueluche prouvée biologiquement ; 
• chez un patient symptomatique qui a été en contact avec un cas prouvé, même en l’absence de diagnostic biologique ;
• chez un nourrisson avec forte suspicion clinique dans l’attente de la confirmation biologique.

En cas de contacts proches ou occasionnels (terrain à risque) avec un cas index, les antibiotiques sont indiqués en prophylaxie chez les sujets :

• dont la dernière vaccination contre la coqueluche date de plus de 5 ans ; 
• dans les 21 jours qui suivent le dernier contact.

Les nourrissons de moins de 6 mois sont les premières victimes

Concernant l’importance de la vaccination des femmes enceintes [4], les chiffres de SPF parlent d’eux-mêmes [3] : sur les 17 décès dénombrés entre le 1^er janvier et le 28 juin 2024 en France, 14 sont survenus chez des enfants dont 13 nourrissons de 1 à 2 mois et un enfant de 4 ans.

Le nombre provisoire de décès pour l'année 2024 dépasse déjà le total des décès rapporté en 2017 (10 chez les moins de 15 ans).

L'ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control) signale pour sa part 19 décès entre janvier 2023 et avril 2024 (sans comptabiliser les données françaises) :

• 11 chez des nourrissons (58 %) ;
• 8 chez des adultes de 60 ans et plus.

La vaccination des femmes enceintes permet chez les nourrissons de moins de 3 mois de : 

• diviser par 4 le risque de coqueluche ;
• réduire de moitié le nombre d’hospitalisations ;
• réduire de 95 % le nombre de décès liés à la coqueluche.

Selon SPF, l'ampleur de ce nouveau cycle épidémique de coqueluche, attendu, mais retardé par la pandémie Covid-19, n'est pas « prévisible à l'heure actuelle ». 

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¹ Groupe de pathologie infectieuse pédiatrique

² Société de pathologie infectieuse de langue française

³ Groupe francophone de réanimation et urgences pédiatriques

⁴ Association pour la formation professionnelle des adultes 

⁵ Le dispositif « 3 labos » permet la remontée automatisée vers SPF de données d’analyses de biologie médicale spécialisée des laboratoires Cerba et Eurofins Biomnis pour des prélèvements réalisés par des laboratoires en ville ou à l’hôpital.