Covid-19 : trois ans d'histoire

En septembre 2020 VIDAL publiait un article titré : « Après six mois pouvait-on commencer à écrire l'histoire ? » [1]. Nous n'en étions encore qu’aux balbutiements de l’aventure.

Trois ans plus tard, peut-on comprendre, enrichir, compléter cette histoire ? Bien sûr, la matière ne manque pas : plus de 300 livres, pour la seule langue française, discourent sur la  Covid-19, des dizaines de milliers d’articles scientifiques ont été publiés, sans oublier la profusion de publications dans la presse généraliste.

Mais l’histoire est loin d’être close.

Certes, on pourrait croire le parcours viral en fin de course. La Chine a brutalement mis fin, courant décembre 2022, à toutes les restrictions draconiennes imposées durant presque trois ans. La France vient de desserrer l’étau des contrôles, des masques qui, au mieux, ne sont plus que conseillés. Pourtant, le directeur général de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) évoquait toujours le 31 janvier 2023, « le plus haut niveau d’alerte d’urgence de santé publique de portée internationale ».

Mais alors, où en sommes-nous ? En ce troisième anniversaire, les doutes sont effet loin d’être tous levés :

• si la description clinique de la Covid-19 est à peu près établie, les séquelles (Covid long), les caractéristiques de l’immunité, et tant d’autres connaissances sont encore incertaines ;
• l’épidémiologie de ce virus aux multiples variants reste floue ;
• les traitements, tout comme les modalités de la vaccination évolueront encore.

Il reste donc beaucoup à découvrir…

Une certitude cependant, l’histoire des maladies infectieuses est loin d’être terminée. Et l’heure n’est pas arrivée de « refermer le livre des maladies infectieuses » comme l’aurait imprudemment déclaré en 1969 un certain William Stewart (US surgeon general) après l’arrivée des antibiotiques trois décennies plus tôt.  

Au terme de ces trois années, on ne peut qu’être saisi par les enchaînements explosifs de l’aventure de la Covid-19 [2].

Une première vague fulgurante

Le 27 décembre 2019, la Chine signale à l’OMS des pneumonies virales dans la ville de Wuhan. Le premier cas date du 17 novembre 2019. Le premier décès est annoncé le 11 janvier 2020 et le même jour est rendue publique la séquence complète du génome de l’agent viral responsable. L’OMS publie le 13 janvier le premier protocole pour des tests RT-PCR permettant le diagnostic de l’infection par le nouveau coronavirus.

En France, l’isolement du virus et le premier séquençage d’Europe sont réalisés par l’Institut Pasteur le 24 janvier 2020, ainsi que le développement parallèle des premiers tests diagnostiques hospitaliers, RT-PCR et sérologiques.

Le premier cas non chinois est déclaré en Thaïlande le 13 janvier, au Japon le 16, aux États-Unis le 21. Le 24 janvier sont détectés les trois premiers cas européens, en France.

Tous ces patients viennent de Wuhan. Et c’est à cette date seulement que l’OMS avance qu’il existe bien « une certaine transmission interhumaine ». Cette transmission va vite devenir une évidence au cours des semaines suivantes. Ainsi, le 30 janvier 2020, l’OMS déclare la flambée du nouveau coronavirus « urgence de santé publique de portée internationale ».

Et cependant, en dehors de la Chine, on ne recense (le 30 janvier) que 98 cas dans 18 pays et aucun décès. Quatre pays seulement présentent les éléments probants d’une transmission interhumaine : l’Allemagne, les États-Unis, le Japon et le Viêtnam.

Le 4 février 2020, l'OMS indique « qu’une occasion d’enrayer la diffusion est à saisir », car alors que 99 % des cas surviennent en Chine, seulement 176 sont recensés dans le reste du monde. Ce propos sera sans effet, et début février, on ne parle toujours pas de pandémie : elle ne sera annoncée par l’OMS que le 11 mars 2020, alors que le cap des 100 000 cas confirmés vient d’être franchi.

Les premiers cas en France

Même s’il est facile aujourd’hui de dire que le virus galopait déjà, et que des mesures auraient dû être prises plus tôt, à la mi-février 2020, il n’y avait pas d’épidémie en France. Le premier décès est survenu le 25 de ce mois, alors qu’il n’y avait que 24 cas identifiés.

Mais il n’a pas fallu longtemps pour que le virus se déchaîne : le 8 mars, 949 cas sont confirmés, 45 malades sont en réanimation et 11 décès sont survenus. La semaine suivante, la hausse est foudroyante : 5 433 nouveaux cas, 240 patients en réanimation et 150 décès.

Le confinement le plus sévère qu'ait connu la France est instauré le 17 mars 2020. Un mois plus tard, 32 300 malades sont hospitalisés dont plus de 7 000 en réanimation. Il faudra un mois pour que son effet porte ses fruits, pour que le nombre d’hospitalisés, tant en médecine qu’en réanimation, diminue. C’est seulement début juin que les chiffres baissent avec alors moins de 1 000 patients en réanimation. On compte déjà 30 000 morts en France, plus de 600 000 dans le monde.

Inquiétude mondiale et polémiques françaises

Ces six semaines, de la mi- février à la fin mars 2020 sont exceptionnelles. Des inquiétudes d’une épidémie naissante à la pandémie qui envahit la planète, « c’est du jamais vu, on rentre dans l’inconnu ».

En Chine, les premières mesures de quarantaine avaient été prises le 23 janvier 2020 dans la Province du Hubei. Elles ont été élargies le 1^er février alors que 10 000 cas étaient répertoriés dans tout le pays, puis plus de 80 000 la deuxième quinzaine de février. Ultérieurement, la progression de l’épidémie est censée être contrôlée en Chine, mais les autorités ne communiquent plus de chiffres crédibles. Les mesures sévères de confinement sont maintenues et le seront jusqu’au 7 décembre 2022.

Reine de la polémique, la France s’émeut du retard de la décision du confinement et de la très grande valse-hésitation, qui va se prolonger plusieurs semaines, sur l’usage impératif et généralisé des masques : « Il ne sert à rien de se déplacer avec un masque sanitaire, […] les masques de protection ne sont utiles que pour les personnes déjà malades - ils servent à éviter la contamination » (Le Monde, 12 mars 2020).

Mais les recommandations de l’OMS ne sont pas claires non plus. Le 29 janvier 2020, elle publiait « des conseils sur le port du masque dans les espaces collectifs, lors des soins à domicile et dans les établissements de santé… Quand il n’est pas indiqué, le port de masques médicaux engendre des coûts inutiles… et crée un faux sentiment de sécurité qui peut faire négliger d’autres mesures essentielles comme l’hygiène des mains. En outre, s’il est mal utilisé, un masque ne parviendra pas à réduire efficacement le risque de transmission » [2].

Dans un avis du 22 mars 2020, l’Académie nationale de médecine évoque très discrètement l’usage pour tous de masques de protection : « Même si leur efficacité est limitée, ces masques répondraient, en cas d’épidémie, à une attente d’autant plus forte des professionnels de santé, de nombreux autres professionnels et du grand public, qu’il n’y aurait aucun autre moyen de prévention ou de traitement disponible ».

La certitude que les masques sont indispensables pour tous ne va s’imposer que (très) lentement… alors que l’on en manque. La réserve de masques qui en 2011 atteignait près de 1,5 milliard était inférieure à 200 000 en 2019 (cf. Figure 1) [3].

Figure 1 - Évolution des stocks de masques stratégiques au 1^er janvier de chaque année, en millions  [3]

Le 29 mars 2020, un premier avion importe de Chine 5 millions de masques ; le lendemain c’est un Antonov Russe qui en dépose 8 millions de plus.

La gestion des masques ne sera vraiment réglée que trois mois plus tard.

Le déconfinement et la deuxième vague

Dans un premier temps, c’est le confinement surtout et les mesures de distanciation, qui coïncident avec la régression de l’épidémie. Si elle n’a duré en réalité que 6 semaines, elle a plutôt ressemblé à un tsunami.

Ce n’est que le 11 mai 2020, après 55 jours de mise sous cloche du pays, que des mesures de déconfinement prudentes, dans la crainte d’une deuxième vague, sont prises [4].

En l'absence d'un rebond de l'épidémie, le retour progressif à la normale se fait à partir du 15 juin. Pas pour longtemps, car dès le 15 juillet 2020 les relevés de Santé publique France (SPF) indiquent que l'épidémie tend à progresser de nouveau. Le R₀ effectif (nombre moyen de nouveaux cas qu’une seule personne infectée peut générer) est désormais supérieur à 1 en moyenne métropolitaine [5]. Il y a plus de 10 000 contaminations confirmées par jour à la mi-septembre, 48 000 à la mi-octobre ; 33 000 patients sont hospitalisés, et 32 % des lits de réanimation sont occupés par des malades de la Covid-19.

C’est la deuxième vague. Elle va durer 12 semaines à partir de septembre 2020. Un couvre-feu instauré le 15 octobre, redevient vite un vrai confinement qui va durer jusqu’au 15 décembre [4], date à laquelle la deuxième vague est réputée en voie d’achèvement. Le confinement national est levé, un couvre-feu est mis en place entre 20 h et 6 h, à l'exception de la soirée du 24 décembre. Le soir du Nouvel An se fera quant à lui sous couvre-feu.

Ce deuxième confinement n’a toutefois pas permis de faire suffisamment chuter ni les contaminations, ni la pression sur le système hospitalier. Le nombre de nouveaux cas ne s’abaisse qu’à 10 000/j début décembre, avant de repartir à la hausse. Le nombre d’hospitalisations ne descend pas en dessous de 25 000.

Dès lors, la notion de vagues pour désigner l’évolution de la Covid-19 semble universellement admise et devient un argument de haute importance pour la prise de décision, ainsi que pour la recherche : une vague nouvelle naît d'une augmentation subite du R₀ effectif, en liaison avec de nouveaux variants ; de nouvelles contaminations se déploient selon une croissance exponentielle [6, 7].

Les premiers vaccins et les premiers variants

Jusqu’alors le virus en cause est le SARS-CoV-2 dit « original ». Son génome est constitué d'un ARN simple brin de presque 30 000 nucléotides situés sur quatre protéines structurales, dont la protéine S (Spike) qui va jouer un rôle majeur dans la fabrication des vaccins.

D'abord réputé « fixe », le SARS-CoV-2 se révélera être en fait un virus extrêmement instable : fin mars 2021, on aura recensé 28 mutations susceptibles de se propager.

Mais en cette fin de l’année 2020, deux événements majeurs vont marquer le devenir de l’épidémie :

• L’arrivée des vaccins
  Les premiers essais sur les vaccins ont débuté en avril 2020, les essais de phase III en juillet et, en l’espace de six mois, les vaccins à ARNm montrent des effets remarquables. La première autorisation de mise sur le marché (AMM) en Europe a été délivrée par l’Agence européenne des médicaments (EMA) le 23 décembre 2020 (BioNTech) et la deuxième 4 semaines plus tard (Moderna). Les autres vaccins (sept en tout sont autorisés à ce jour en France) recevront leur validation entre février 2021 et 2022 (les vaccins à ARNm bivalents apparaîtront fin 2022).
  Dans le contexte d’un virus à l’expansion incroyable, et de premières tentatives très positives de vaccins, le « rush » est phénoménal. Au 26 janvier 2021, l’OMS avait comptabilisé, dans le monde, 63 vaccins candidats au stade de développement clinique et 173 en évaluation préclinique !
  
  La campagne de vaccination débute le 27 décembre 2020, mais ce n’est que le 18 janvier 2021 qu’elle est ouverte, en principe à toute personne de plus de 75 ans, ainsi qu’aux soignants. Le rythme des vaccinations apparaît cependant trop lent (encore une polémique française), bien que 10 jours plus tard 1 405 885 personnes avaient reçu une dose.

• L’arrivée des premiers variants [8]
  Alors qu’on veut se croire en sortie de deuxième vague, le début de l'année 2021 est marqué par l’apparition de mutations du virus : au 7 janvier, dix-neuf cas de contamination par le variant Alpha dit alors « britannique » étaient confirmés. En quelques semaines, c’est un malade sur quatre qui est infecté par le nouveau variant.

La troisième vague, celle du variant Alpha

La troisième vague débute dès janvier 2021 et va se poursuivre durant 19 semaines, c’est-à-dire presque tout le premier semestre 2021. Elle se caractérise par la position dominante du variant Alpha. Mais aussi par l’apparition d’un variant Bêta dit alors « sud-africain », qui dominera dans l’est de la France, ainsi que d’un variant Gamma de moindre importance.

En ce début 2021, la circulation du virus reste moins importante en France que dans d’autres pays européens, mais ces nouveaux variants sont plus contagieux, ce qui amène le gouvernement à imposer un couvre-feu généralisé à 18 heures dès le 16 janvier 2021 ainsi que des contrôles renforcés aux frontières. Le 31 janvier, de nouvelles mesures entrent en application : fermeture des frontières aux pays hors Union européenne, imposition de tests PCR négatifs aux voyageurs de l'Union européenne.  

Cette troisième vague s’atténue en juin 2021, marquée par la levée de presque toutes les restrictions sanitaires, le masque restant néanmoins obligatoire dans les lieux clos.

Cependant, cette fois, il n’y a pas de répit et la quatrième vague [4] arrive en France avec le nouveau variant Delta dit « indien ».

La quatrième vague ou la vague des non-vaccinés

La quatrième vague va durer tout l’été 2021. Elle est considérée en France et à l’étranger comme étant la « vague des non-vaccinés », car la majorité des décès surviennent chez ces derniers. Le 12 juillet 2021, un nouveau train de mesures applicables aux adultes et, de façon assouplie aux enfants âgés de 12 ans et plus, est mis en route :

• Obligation vaccinale le 15 septembre 2021 pour l'ensemble des professionnels et bénévoles en contact avec des publics fragiles ;
• Jauge pour l'exigence du passe sanitaire abaissée de 1 000 à 50 personnes ;
• Extension du passe sanitaire, le 21 juillet 2021, aux lieux de culture et de loisirs ; et courant août 2021 aux restaurants, cafés, trains, avions et grands centres commerciaux.

Le 24 août 2021, on recommande une troisième dose de vaccin pour les personnes âgées de plus de 65 ans et celles ayant des comorbidités. De fait la vaccination des personnes les plus à risque, notamment des résidents en Ehpad, a été depuis le début extrêmement efficace en termes de nombre de cas et de décès (cf. Figure 2) [9].

Figure 2 - Évolution des épisodes de cas de Covid-19 en Ehpad, nombres des cas et de décès liés à la Covid-19 parmi les résidents et couvertures vaccinales (au moins une dose, vaccination complète) chez les résidents des Ehpad ou USLD, du 2 mars 2020 au 20 octobre 2021, France [9]

La vague s’apaise début octobre. Encore une fois, pas pour longtemps : une cinquième vague débute dès novembre 2021 [4].

La cinquième vague ou la percée d’Omicron

La progression de la cinquième vague est rapide, avec une augmentation du taux d’incidence du nombre de cas quotidiens de 80 %. Le nombre de tests de dépistage double. L’explication arrive vite : c’est un nouveau variant, Omicron, qui envahit le territoire français (BA.1 détecté au Royaume-Uni, puis BA.2). Les vaccins semblent garder leur efficacité, et on annonce que la troisième dose de vaccin sera disponible pour tous, 5 mois après la deuxième dose.

En février 2022, le variant Omicron est la cause de la plupart des infections. Les décès dus à ce variant ont été « majoritaires chez les personnes de plus de 80 ans », mais ne représentent « qu'un tiers des décès chez les 60 à 79 ans ».

L’efficacité de la vaccination est maintenue : du 20 décembre 2021 au 23 janvier 2022, le nombre de personnes non-vaccinées décédées d’une infection par le variant Omicron est de 308 patients pour 10 millions de personnes, contre 183 patients vaccinés sans rappel, et 173 personnes vaccinées avec rappel.

Le pic des hospitalisations est atteint le 7 février 2022. Mais une sixième vague de moindre ampleur la suit.

Les vagues suivantes sont déterminées essentiellement par de nouveaux variants.

Après une baisse durant le printemps 2022 donnant lieu à la levée des contraintes sociales - le masque n'est plus exigé dans les transports publics - les contaminations reprennent en juin 2022 : 53 802 nouveaux cas positifs sont enregistrés entre les 7 et 8 juin.

La septième vague arrive en juillet 2022. Les variants Omicron BA.4 et BA.5, moins dangereux, en sont responsables. Le pic est rapidement atteint avec un variant BA.5 largement dominant, supplantant l’omicron BA.2 du début de la vague. Mais cette septième vague est moins meurtrière que les précédentes avec tout de même environ 100 morts par jour à l'hôpital.

La huitième vague se développe en octobre 2022, portée par les sous-variants d’Omicron BA.4 et BA.5. Elle a eu un retentissement hospitalier direct moins important que les vagues antérieures. Les spécialistes évoquent alors un scénario de type endémique, avec des exacerbations plus marquées en automne ou en hiver, comme pour la grippe ou d'autres virus respiratoires.

La neuvième vague, la der des der ? 

Et nous terminons l’histoire actuelle par une neuvième vague. Les indicateurs hospitaliers ont en effet augmenté dans la semaine du 14 au 20 novembre 2022.

Cette reprise est due au sous-variant BQ.1.1 issu du variant Omicron BA.5. BQ.1.1 qui est désormais majoritaire (environ 60 % au niveau national), sans signal d'augmentation de pathogénicité, mais il coexiste avec le variant antérieur BA.5. Il résisterait plus facilement à l'immunité acquise à la fois par la vaccination contre la Covid-19 et par la contamination par le virus. La vague culmine avant la mi-décembre 2022 et touche principalement le sud-ouest de la France.

La première semaine de janvier 2023, le nombre de nouveaux cas de Covid-19 a diminué de 26 %. Le taux d'incidence est en baisse de 51 %. La neuvième vague de Covid semble donc être passée en France.

Conclusions

Que dire d’utile en ce troisième anniversaire d’une saga pandémique mondiale ?

D’un point de vue quantitatif, le nombre de personnes infectées par ce virus est colossal [10].

En France, il y aurait eu près de 40 millions de cas confirmés (62 % de la population) et 161 000 décès ; 160 millions de doses de vaccins ont été administrées.

Dans le monde, on recense 800 millions de cas confirmés (10 % de la population) et 7 millions de décès. Plus de 13 milliards de doses de vaccin auront été administrées.

Si, pour la France, comme pour beaucoup d’autres pays, les relevés statistiques sont assez proches de la réalité, il n’en est pas de même à l’échelon de la planète. Cependant, dans presque tous les cas, ces données permettent des comparaisons dans le temps.

Le cas de la Chine est particulier car une partie importante des données chiffrées est occultée. Au 29 novembre 2022 (avant la levée des mesures de confinement), l'affichage est de 100 millions de cas confirmés (seulement 7 % de la population), d’un peu moins de 120 000 décès, et de 3,5 milliards de doses de vaccins administrées. Depuis la levée des restrictions début décembre 2022, il n’existe aucune statistique globale sur la Chine : on croit savoir que le 18 janvier, en dehors de Hong-Kong, il n’y aurait que 60 000 personnes infectées dans l’ensemble du pays. À ce stade, l’essentiel de l’information avec parfois bien des contradictions, est apportée via les titres de quotidiens. Dresser le bilan d’une stratégie « Covid zéro » apparaît donc délicat… alors que les analystes sérieux estiment que Pékin ne donne qu’une partie du bilan humain de l’épidémie.

Nous n’avons ici parlé que de vagues et de chiffres (et encore en raccourci). C’est bref, c’est insuffisant : il n'est question ni de clinique ni d’évolution des traitements. Mais le lecteur trouvera, dans la littérature surabondante, tout pour se documenter.

Sans aucune prétention à l’exhaustivité, pour poursuivre l’histoire :

• un prochain article abordera l’événement majeur de cette pandémie : c’est qu’en moins d’un an une vaccination efficace sera opérationnelle.
• nous tenterons aussi de présenter un dernier chapitre autour des essais de développement de traitements multiples. Et aussi des modalités de prise en charge de malades graves qui ont considérablement progressé.

Vouloir classer la pandémie du SARS-CoV-2 au sein des grandes épidémies de l’histoire est fort légitime, mais nous sommes loin d’en avoir compris l'épidémiologie complexe, car rien ne lui ressemble.