Le vaccin Comirnaty de Pfizer-BioNTech est efficace sur le variant sud-africain du SARS-CoV-2

L'émergence de variants du SARS-CoV-2 portant des mutations de leurs protéines antigéniques, particulièrement de la protéine S de spicule, fait craindre une perte d'efficacité des anticorps produits contre le virus original à l'occasion d'une infection, ou obtenus par la vaccination. En effet, les principaux vaccins actuellement proposés utilisent comme antigène la protéine S du virus isolé au début de la pandémie. Durant les phases d'essai, alors que les variants étaient encore peu répandus, on a pu mettre en évidence une grande efficacité de ces vaccins contre le virus cible, mais leur efficacité contre des virus aux antigènes modifiés n'a généralement pas pu être évaluée. Lors d'essais conduits en Afrique du Sud, toutefois, l'efficacité du vaccin de AstraZeneca (Vaxzevria) contre le variant apparu localement a été jugée insuffisante et a conduit les autorités à renoncer à ce vaccin.

Porteur de la mutation E484K, le variant sud-africain (B.1.351) est considéré comme l'un des plus susceptibles d'échapper à l'immunité dirigée contre le virus original. Des tests de neutralisation faits au laboratoire, où plusieurs souches virales sont exposées aux anticorps présents dans les sérums de convalescents ou de personnes vaccinées, ont régulièrement montré une diminution du pouvoir neutralisant de ces sérums vis-à-vis de B.1.351.

Toutefois, la réponse immunitaire développée contre l'infection par le SARS-CoV-2 ou lors de la vaccination ne se limite pas aux anticorps neutralisants mis en évidence par ces tests : d'autres anticorps sont produits, dirigés contre différentes parties exposées des protéines virales (les épitopes), et il existe une réponse cellulaire, dont les cibles sont encore différentes et le rôle souvent déterminant.

La complémentarité de ces réponses peut aboutir à un état de protection que les tests de laboratoire ne permettent pas toujours de mettre en évidence, et qui ne peut être démontré que par l'observation clinique. L'étude publiée par des chercheurs qataris apporte donc des données très attendues. Le Qatar a commencé à vacciner sa population avec le vaccin Comirnaty en décembre 2020. En mars 2021, 385 853 personnes avaient reçu une dose de vaccin, et 265 410 d'entre elles avaient reçu les deux. Alors que le variant anglais du SARS-CoV-2 (B.1.1.7) s'est répandu en janvier, associé à une 2ème vague de l'épidémie, il est maintenant retrouvé dans 44,5 % des cas. Le variant sud-africain arrivé à la mi-mars, présent dans 50 % des cas, est devenu le plus fréquent. L'étude a porté sur les données collectées par le système national de surveillance de la covid 19. Quatorze jours après la 2ème dose de vaccin, elle évalue l'efficacité de protection contre toute forme d'infection par le variant anglais à 89,5 %, et à 75 % contre le variant sud-africain.

L'efficacité vaccinale contre les formes graves d'infection (formes graves, critiques ou mortelles) est mesurée à 97,4 %, quel que soit le virus responsable. Dans une autre approche, qui a comparé l'incidence des infections entre personnes vaccinées et personnes séronégatives pour le SARS-CoV-2, l'efficacité vaccinale contre le variant anglais et le variant sud-africain a été de 87 % et 72,1 %, respectivement.

Les auteurs de l'étude soulignent que l'efficacité du vaccin Comirnaty sur le variant B.1.351 mesurée au Qatar se situe nettement en dessous de l'efficacité du vaccin contre le virus d'origine ou le variant anglais, mais que le vaccin confère malgré tout un très haut niveau de protection contre les formes graves de l'infection.

Référence

• L.J. Abu-Raddad et A.A. Butt. Effectiveness of the BNT162b2 Covid-19 Vaccine against the B.1.1.7 and B.1.351 Variants. NEJM, 5 mai 2021.