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En période de co-circulation virale, le diagnostic étiologique des infections respiratoires hivernales repose sur la réalisation de tests pour identifier les virus en cause (illustration).
Les symptômes de la COVID-19 sont parfois proches de ceux des autres infections respiratoires dont la grippe (fièvre, nez bouché, maux de tête, etc.). Cette similarité clinique rend le diagnostic difficile et impose de disposer d'outils diagnostiques supplémentaires.
Une co-infection par le virus Influenza A/B et le SARS-CoV-2 est également possible.
Des tests tout en un pour le diagnostic différentiel
L'identification des virus repose principalement sur la recherche du génome viral (ARN) par la méthode RT-PCR (reverse transcriptase - polymerase chain reaction), sur prélèvement nasopharyngé. Dans certaines situations, le test antigénique (recherche d'antigènes du virus), également pratiqué sur prélèvement nasopharyngé, peut être utilisé.
Pour réaliser cette recherche d'ARN viral, différents dispositifs médicaux peuvent être utilisés :
- les tests unitaires qui permettent de détecter le génome d'un seul virus,
- les tests combinés, multiplex (virus de la grippe, virus SARS-CoV-2, virus respiratoire syncytial) ou duplex (virus de la grippe, virus SARS-CoV-2), qui permettent de détecter simultanément, à partir d'un seul prélèvement, plusieurs agents infectieux.
Un diagnostic différentiel nécessaire pour adapter la prise en charge
En période de co-circulation virale, le diagnostic différentiel permet de prendre en charge les patients de la façon la plus adaptée :
- nécessité d'isoler le patient pour éviter la propagation du virus (virus SARS-CoV-2 en population générale, virus de la grippe dans les populations à risque de forme grave) ;
- choix thérapeutique : éviter l'utilisation d'antibiotiques en cas d'infection virale.
Pertinence du diagnostic différentiel : populations cibles
Dans son avis du 15 octobre, la HAS précise les population de patients pour lesquelles il est pertinent de réaliser une recherche concomitante des virus de la grippe, du SARS-CoV-2 ou d'autres virus responsables d'infections respiratoires (dont le virus respiratoire syncytial, responsable de la bronchiolite) :
- adulte symptomatique hospitalisé ou admis aux urgences,
- adulte symptomatique résidant en établissement social ou médico-social (dont les EHPAD),
- enfant symptomatique (cf. Tableau I).
Tableau I - Tests recommandés chez les patients adultes symptomatiques
| Différentes situations | Tests recommandés |
| Patients hospitalisés | Tests RT-PCR COVID-19 et tout autre virus responsable d'infections virales hivernales |
| À l'arrivée aux urgences | Tests RT-PCR COVID-19 et tout autre virus responsable d'infections virales hivernales Test antigénique COVID-19 possible |
| Patient en établissements sociaux ou médicosociaux | Double test COVID-19 (antigénique ou RT-PCR) et grippe (RT-PCR) |
Les tests de détection génomique sont réalisés à partir d'un prélèvement nasopharyngé.
Pour le test RT-PCR de détection du SARS-CoV-2, le prélèvement salivaire est une option chez le patient symptomatique, lorsque le prélèvement nasopharyngé est impossible ou difficile à réaliser.
Le recours aux différents tests est indépendant du statut vaccinal du patient.
- Adulte symptomatique hospitalisé ou admis aux urgences
- d'isoler rapidement et correctement le patient si nécessaire ;
- de mettre en place une prise en charge adaptée.
La détection virale est indiquée dès l'arrivée à l'hôpital, et repose sur :
- le test RT-PCR de recherche du SARS-CoV-2 et de tout autre virus responsable d'infections virales hivernales (recherche du génome) [cf. Encadré 1],
- aux urgences, un test antigénique SARS-CoV-2 est possible.
Encadré 1 - Tests de recherche d'ARN pouvant être utilisés chez un patient symptomatique hospitalisé
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- Adulte symptomatique résidant en établissement collectif (établissement social ou médico-social, EHPAD)
- d'isoler les cas symptomatiques pour éviter la transmission virale au sein de l'établissement,
- de mettre en place une surveillance étroite de ces patients fragiles.
La détection virale repose sur un double test COVID-19 et grippe, dès la survenue des symptômes :
- test antigénique ou RT-PCR pour la recherche du SARS-CoV-2, puis, en fonction du résultat :
- si un test antigénique SARS-CoV-2 a été pratiqué et que le résultat est positif : réaliser un test RT-PCR pour la recherche de la grippe ;
- si un test antigénique SARS-CoV-2 a été pratiqué et que le résultat est négatif : réaliser un test RT-PCR pour la recherche de la grippe et du SARS-CoV-2 (avec 2 tests unitaires, ou 1 test duplex).
- Enfants symptomatiques, quel que soit le lieu de soins
Le diagnostic différentiel (COVID-19, grippe et autres pathologies respiratoires) vise à éviter le recours inutile aux antibiotiques.
Selon le contexte, la détection virale repose sur (cf. Tableau II) :
- au cours d'une hospitalisation : des tests RT-PCR à la recherche de tous les virus respiratoires suspectés, avec une attention particulière à porter sur le virus respiratoire syncytial (VRS) responsable de la bronchiolite ;
- aux urgences : le test antigénique pour la recherche du SARS-CoV-2 (à privilégier) ;
- en structure sociale ou médico-sociale : les tests antigéniques de recherche du SARS-CoV-2 et des virus grippaux. Chez les enfants, le test antigénique peut être envisagé pour la recherche du virus grippal (la charge virale est plus élevée que celle observée chez l'adulte, même en cas de symptômes souvent légers) ;
- en ville : les tests antigéniques à la recherche du SARS-CoV-2 et des virus grippaux.
Tableau II - Tests recommandés chez les enfants symptomatiques
| Différentes situations | Tests à réaliser |
| Enfants hospitalisés | Tests RT-PCR pour tous les virus responsables d'infections virales hivernale |
| À l'arrivée aux urgences | Privilégier un test antigénique COVID-19 |
| Enfant en structure sociale ou médicosociale | Tests antigéniques COVID-19 et grippe |
| En ville | Tests antigéniques COVID-19 et grippe |
La recherche d'antigène des virus de la grippe se déroule idéalement sur le lieu de soins par immunochromatographie (Test Rapide d'Orientation Diagnostique), sinon au laboratoire de biologie médicale par dosage d'immuno-absorption par enzyme liée (enzyme linked immunosorbent assay, ou ELISA).
Pour les autres patients : seul le test SARS-CoV-2 est indiqué
Pour tous les autres patients symptomatiques, selon la HAS, seul le test de détection du SARS-CoV-2 est indiqué (test RT-PCR, ou test antigénique dans les 4 jours suivants le début des symptômes).
L'identification du virus SARS-CoV-2 permet d'isoler le patient et de briser la chaîne de transmission virale.
S'il ne s'agit pas du virus SARS-CoV-2 (test négatif), les symptômes sont causés par d'autres virus hivernaux et la prise en charge repose sur le traitement symptomatique et le suivi de l'évolution de la maladie.
Avis favorable au remboursement des tests de recherche directe des virus des infections respiratoires hivernales
La HAS donne un avis favorable à l'inscription au remboursement de la détection de l'ARN des virus des infections respiratoires hivernales par technique RT-PCR (service attendu suffisant) en période de co-circulation virale (cf. Encadré 2) :
- soit comme acte isolé (virus influenza A et B),
- soit en multiplex avec ou sans la détection du SARS-CoV-2 en période de co- circulation de ces virus.
Encadré 2 - Limites des tests de recherche directe des virus grippaux
Les recherches directes des virus grippaux :
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Pour aller plus loin
Communiqué de presse - Distinguer la grippe de la COVID-19 : dans quelles situations et avec quels tests ? (HAS, 21 octobre 2020)
Avis relatif à l'inscription sur la liste des actes et prestations de la recherche directe des virus des infections respiratoires hivernales (dont les virus Influenza A et B) concomitamment à la recherche directe du virus SARS-CoV-2 sur prélèvement nasopharyngé, en période de co-circulation de ces virus (HAS, 15 octobre 2020)
Sources
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