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L'un des arguments parfois avancés par les parents qui refusent de faire vacciner leurs enfants est que la vaccination pourrait avoir pour conséquence l'apparition d'allergies, telles que l'eczéma ou l'asthme. L'explication donnée à ce phénomène est que les vaccins, en faisant reculer les infections, nuiraient à la stimulation naturelle de l'immunité qui se produit dans les premières années de la vie, favorisant ainsi par la suite une réponse de type allergique au détriment de la réponse protectrice souhaitable. On observe en effet que dans les pays en développement, où le niveau d'hygiène générale reste bas, les allergies de l'enfant sont beaucoup moins fréquentes que dans les pays développés (d'où le nom de « hypothèse de l'hygiène » utilisé pour expliquer cette différence).
L'observation rapportée par une équipe allemande à l'occasion d'un congrès qui s'est tenu au Brésil est rassurante. Ayant analysé les dossiers de 2 187 enfants âgés de 5 ou 6 ans, les auteurs ont montré que les allergies étaient d'autant plus fréquentes que les enfants étaient moins vaccinés. La même observation était faite chez les enfants prédisposés aux allergies en raison d'un terrain allergique chez leurs parents. En fait, les vaccins auraient un effet protecteur contre les allergies, quelles que soient les prédispositions des enfants, l'hérédité jouant sans doute un rôle prépondérant.
Qu'en est-il alors de l'hypothèse de l'hygiène ? Elle reste peut-être valide, si on admet que les vaccins n'agissent pas sur le niveau d'hygiène générale comme le font d'autres facteurs, et qu'ils laissent aux individus l'occasion de rencontrer de nombreux microorganismes capables de stimuler leur immunité.
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